پدر امام خمینی، سید مصطفی موسوی فرزند علامه جلیل‌القدر سید احمد موسوی که برای ادامه تحصیل به نجف اشرف و سامرا هجرت کرده بود و بیش از پنج سال از محضر بزرگانی چون میرزای شیرازی فیض برده بود، به دعوت مردم خمین به این شهر بازگشت و زعامت و پیشوایی اهالی خمین و حومه را عهده دار شد.

مقاومت سید مصطفی در برابر زورگویان حکومتی که همگی حامیان خان‌های آن روز بودند و حمایت‌های او از مظلومان شهری و روستایی، عرصه را بر زمین‌داران خمین تنگ کرده بود و راهی جز به شهادت رساندن آن عالم بزرگوار، پیش پای خود ندیدند. در زمستان ۱۲۸۱ هجری شمسی و تنها پس از چند ماه از تولد روح‌الله، در راه خمین به اراک مورد سوء قصد اشرار قرار گرفت و بر اثر اصابت چند گلوله در چهل سالگی به شهادت رسید.